如果回遷房在房管局辦理了備案手續，或者辦理了產權證，那意味著房管局系統是能查詢到屋主名下有房。現在大多數城市都只能擁有兩套住房，單身家庭只能擁有一套住房，達到或超過上述住房套數的家庭，暫停在本市購買住房。
因為回遷房享受國家政策的優惠，不含土地轉讓金，價格相對低廉，具體進行買賣交易時要分兩種情況來說。
第一種就是業主手中只有回遷協議，沒有房產證，這樣的回遷房最好不要購買，這種情況下買賣雙方在進行二手房交易的時候，是不能夠在當地的房地產交易所做公證過戶和改名的。
也就是說購房者即使買了房也可能得不到不動產權證。而且回遷房沒有房產證的情況下進行交易，屬於不合法的交易行為。也會影響以後房屋的轉讓、抵押，甚至會影響戶籍的遷入等等。
第二種就是業主已取得了房屋產權證，這種情況下可以進行正常的過戶轉名。不過許多出售回遷房的業主在出售房屋時都會要求購房者先交訂金，甚至先收部分樓款作為購買保證，餘款則待到真正過戶交易後再付清。由於業主不能保證什麼時候能夠真正過戶，這對購買者來說具有一定的交易風險。
另外在買賣交易時購房者需要要求業主提供回遷協議及其身份證明，並對回遷房的真實性進行核實，同時要注意確定該房屋是否有其他共有人，所購買的房屋是否做了抵押。另外須查明該房是屬於危改回遷，還是屬於商品房回遷。
1、一房多賣
指標房購買簽署的屬於私人協議，如果遇到房主一房多賣，購房者後續將會面臨產權糾紛，甚至走上維權索賠之路。
2、無法過戶
購買無證回遷房是與業主簽訂協議，付部分房款，剩餘房款在過戶後支付，但過戶時間不可控，可能會面臨買房後幾年甚至數十年都無法過戶的風險。
3、房主違約
因為不受法律保護，購買無證房產，如果遇到房價上漲，原房主違約反悔，且回遷房性質屬於禁止轉讓的情況下，買家極可能竹籃打水一場空。
4、抵押貸款難
無證的回遷房交易難度大，五證不齊的房子，也基本難以拿出來抵押貸款。
5、房屋質量和社群環境
一般來說，回遷房作為村民補償性住房，開發商不會像商品房一樣過多的考慮出售的問題，而是儘可能地以最低的成本建成，因此房屋質量、配套設施等不比商品房，容積率也會比較高，同時回遷房小區往往出租量大，居住人群更復雜，人口流動也更頻繁，因此回遷房小區產品品質及居住質量都會打折，也會存在一定的安全隱患。
6、舊改爛尾
這個基本是最糟糕的結果，但也是這瞬息萬變的市場上可能發生的變數。
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