在於設立、工作人員以及性質不同。
衛生室屬於村級的醫療機構,一個村只能夠設立一個定點醫療機構,意思就是隻能夠設立一個衛生室。而診所的規模是比較小的,診所也沒有規定只能設立幾個,沒有限制。
衛生室的醫生是具有國家編制的醫生,但是診所的醫生大多都是私人醫生,兩者的工作人員性質是不同的。衛生室屬於國家公益性醫療機構,不能夠隨意轉讓、承包給其他人,但是診所是屬於個人盈利的機構,可以進行租賃轉讓。