1、所屬公司不同：IMAP是“Internet Mail Access Protocol”的縮寫，是Internet郵件訪問協議，郵件客戶端可以通過這種協議獲取郵件伺服器上面的郵件資訊、郵件下載、傳送等；POP3是“Post Office Protocol- Version 3”的縮寫，是郵局協議的第3個版本，規定了個人計算機連線到Internet的郵件伺服器和下載電子郵件的協議。
2、下載範圍不同：IMAP不用對伺服器上面的郵件進行全部下載（根據實際需要進行下載），可以通過郵件客戶端對郵件進行操作；POP3允許下載郵件伺服器上面的郵件（下載所有未閱讀的電子郵件），當郵件從伺服器上面傳送到電腦上面，同時刪除郵件伺服器上面的郵件（目前很多郵件伺服器都支援“下載郵件，不刪除郵件，或發出提醒”）。
3、操作功能不同：IMAP提供WebMail與郵件客戶端進行雙向通訊，客戶端上面的操作（如：已讀、刪除、移動郵件等）將會反饋到郵件伺服器上面，在WebMail上面操作郵件時也會反饋到郵件客戶端上面（即：在郵箱客戶端、瀏覽器上面登入郵箱檢視的郵件及狀態是一致的）；POP3在客戶端上面進行操作（如：已讀、刪除、移動郵件等）將不會反饋到郵件伺服器上面，如：移動客戶端上面的郵件到其他資料夾時，郵件伺服器上面不會同時移動這些郵件。
4、安全效能不同：IMAP提供更加便捷、穩定、可靠的使用體驗，通過WebMail與客戶端進行雙向通訊可以避免郵件丟失；POP3更容易丟失郵件，也不能多次下載相同的郵件（目前的很多POP3郵件伺服器已經支援保留原郵件，支援多次下載）。
5、連線裝置不同：IMAP提供了從多臺裝置（如：手機、電腦、平板電腦等）訪問郵件，便於隨時隨地查閱郵件；POP3不能提供從多臺裝置訪問郵件。
6、瀏覽功能不同：IMAP提供的摘要瀏覽功能便於查閱郵件的到達時間、主題、發件人、大小等資訊，然後再決定是否需要下載、開啟；POP3提供的摘要瀏覽功能查閱郵件的到達時間、主題、發件人、大小等資訊的同時自動下載郵件。
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