神奇寶貝動畫目前為止已經播放了4個主要系列，分別對應了主系列遊戲的內容，按先後的播出順序分為關都地區石英聯盟篇、橘子群島橘子聯盟篇（動畫原創）、城都地區城都聯盟篇、豐緣地區豐緣聯盟篇、關都地區對戰開拓區篇、神奧地區神奧聯盟篇和合眾地區合眾聯盟篇。 《神奇寶貝》第一部（無印） 神奇寶貝動畫的第一個系列，無印篇名中是來區別它和較後的系列。 在無印篇中，新手訓練家小智只帶著從大木博士那裡獲得的勉勉強強又喜怒無常的皮卡丘，離開家鄉真新鎮，在關都地方展開他的旅程。
1、贏得皮卡丘的信任後，小智認真地開展他的旅程來挑戰各地的道館，參加神奇寶貝聯盟。
2、加入小智一行人的是兩位良師益友——小剛和小霞。
3、 參賽石英大會之後，小智受大木博士之託啟程前往橘子群島，從內木博士處取得GS球。
4、旅途中小智參賽橘子聯盟，還遇到神奇寶貝觀察家小建。
5、 回到真新鎮後，大木博士無法理解怎麼樣把GS球開啟，所以就派小智等人前往城都地區，把GS球交給檜皮鎮的鋼鐵。
6、再次，小智參加了神奇寶貝聯盟－城都聯盟的白銀大會。
7、 《神奇寶貝超世代》（Pokémon Advanced Generation） 神奇寶貝動畫的第二個系列，對應遊戲第三世代。
8、城都聯盟篇結束後，小霞為了接替出門旅行的三位姐姐而不得不返回華藍市擔任道館訓練家，小剛也因為有事和小智分離了。
9、小智為了重新出發，於是只帶著皮卡丘前往豐緣地區，在那裡認識了新人訓練家小遙和其弟弟小勝，後來小剛又重新加入，於是四人並展開全新的冒險。
10、 超世代共分為豐緣聯盟及對戰開拓區兩篇，和第一部的不同之處是，故事變成了兩條主線：一方面小智為了參加豐緣聯盟，努力挑戰道館而收集徽章。
11、聯盟大會結束後，則改挑戰故鄉關都地區的對戰開拓區；另一方面小遙則以成為頂級協調訓練家為目標，挑戰各地的華麗大賽取得緞帶，參加華麗大型慶典。
12、兩人都為了達成各自的目標，與神奇寶貝一同奮鬥。
13、 《神奇寶貝鑽石與珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl） 神奇寶貝動畫的第三個系列，對應遊戲第四世代。
14、對戰開拓區篇結束後，小遙為了獨自挑戰城都地區的華麗大賽和小智告別，小勝回到了橙華道館。
15、小智則受到了小茂的鼓勵，獨自帶著皮卡丘和偷渡的長尾怪手前往神奧地區開始新的挑戰。
16、 鑽石&珍珠系列中，一起旅行的主人公分別為小智，新人協調訓練家小光，以及神奇寶貝培育家小剛。
17、和超世代系列一樣，小智和小剛都以新裝登場。
18、三人一同結伴旅行，展開了新的旅程。
19、 劇情的設定比之前更加深入。
20、關於小智的道館挑戰和小光的華麗大賽的集數要比之前的系列更多，也有了更多的相會與別離，更多的勁敵和夥伴。
21、 《神奇寶貝超級願望》（Pokémon Best Wishes） 神奇寶貝動畫的第四個系列。
22、和前兩部類似，超級願望篇也以小智與皮卡丘前往新地區（合眾地方）開始。
23、本系列中，小智以新裝登場，而小光和小剛己經離隊了。
24、小智的旅行同伴是在鹿子鎮附近相遇的神祕少女艾莉絲和三曜市的道館訓練家天桐。
25、此外，合眾地方的喬伊和君沙小姐的設計也和以往不同的。
26、目前每週四晚在東京電視臺播出。
27、 劇情內容幾乎平行於動畫版的電影院版。
28、登場的主要角色和對應的篇名一致。
29、 無印 無印系列劇場版目錄序號名稱出品年份1超夢的逆襲 1998年2洛奇亞的爆誕1999年3結晶塔的帝王2000年4雪拉比的穿越時空遭遇2001年5水都的守護神拉帝亞斯和拉帝歐斯2002年超世代 超世代系列劇場版目錄序號名稱出品年份1七夜的許願星基拉祈2003年2裂空的訪問者2004年3夢幻與波導的勇者路卡利歐2005年4滄海的王子瑪娜菲2006年鑽石&珍珠 鑽石&珍珠系列劇場版目錄序號名稱出品年份1決戰時空之塔2007年2騎拉帝納與冰空的花束潔咪2008年3阿爾宙斯超克的時空2009年4幻影的霸者索羅亞克2010年超級願望 超級願望系列劇場版目錄序號名稱出品年份1比克提尼與黑英雄捷克羅姆 2011年2比克提尼與白英雄雷希拉姆2011年編輯本段特別動畫目錄神奇寶貝放送局 序號名稱01小剛 拯救尼比道館02華藍道館 復仇之戰03加油 積極向上的火箭隊04大木研究所大決戰05相會千年鎮 喵喵辛苦打工記06小霞 得到藍色徽章吧07神祕偵探喵喵登場 小侄女露力麗是大麻煩08神奇寶貝搜查網 去尋找大木博士吧09小霞 認真對決賭上性命10雪拉比的另一個傳說11火箭隊，愛與青春的原點12真新鎮，神奇寶貝訓練家的旅程13神奇寶貝研究者 小茂與復活的化石翼龍14小霞與愛心魚，愛的戰鬥15奈奈與噴火龍，火焰的猛烈特訓16穿梭天際的傳說，阿弘與火焰鳥注：放送局是主要講述的是和小智分別的主要角色，或者配角特別經歷的番外故事。
30、劇情發展和後續的TV動畫都有一些關係。
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