據2020年1月學校官網資訊顯示,學校下設11個學院、12個附屬醫院(3個直屬)、1箇中醫藥研究院、27個教學醫院和70個實習基地。設有24個本科專業,涵蓋醫、理、文、工、管、法等6個學科門類。其中直屬附屬醫院為黑龍江中醫藥大學附屬第一醫院和黑龍江中醫藥大學附屬第二醫院。
黑龍江中醫藥大學的前身是創建於1954年的黑龍江省中醫進修學校;1959年,黑龍江中醫學院成立;1996年5月3日,黑龍江中醫學院更名為黑龍江中醫藥大學;2002年,黑龍江省中醫藥學校併入黑龍江中醫藥大學。