與人類生存一樣， 德國牧羊犬的生活中也面臨各種疾病的威脅。例如，氣溫驟然變化時，容易導致德牧犬感冒，夏季時德牧犬容易中暑，此外犬瘟、細小等各種傳染疾病也是常見的危害德牧性命安全的疾病。 生活中，危害德國牧羊犬健康的疾病非常多。例如，腸胃炎、面板病、呼吸道疾病、骨折、耳蟎、口腔疾病、白內障、傳染性肝炎、犬冠狀病毒感染和、犬腺病毒Ⅱ型感染等等。這些不同的疾病其臨床表現不一樣，而且對德國牧羊犬造成的危害也不一樣。
德國牧羊犬瘟熱：
發病初期：可用大劑量的犬瘟熱高免血清注射，可控制本病的發展。
對症治療：用補糖、補液、退熱，防止繼發感染，加強飼養管理等方法，對本病有一定的治療作用。
犬細小病毒病：
初期：應用犬細小病毒高免血清治療。
對症治療：補液療法，用等滲的葡萄糖鹽水加入5%碳酸氫鈉注射液給予靜脈注射。可根據脫水的程度決定補液量的多少，消炎、止血、止吐、慶大黴素1萬單位/千克體重，地塞米松0.5毫克/千克體重混合肌肉注射，或卡那黴素5萬單位/千克體重加塞米鬆混合肌肉注射。維生素K11毫克/千克體重，Vk30.4毫克/千克體重，混合肌注。胃復安2毫克/千克體重。
狂犬病：
狂犬病又稱瘋德國牧羊犬病、恐水症。
是由狂犬病病毒引起的一種人和所有溫血動物（人、犬、貓等）的一種直接接觸性傳染病。
人一但被含有狂犬病病毒的犬咬傷，死亡率是百分之百。所以做為寵物的犬一定要注意狂犬病的免疫。患有狂犬病病犬的臨床表現極度興奮、狂燥、流涎和意識喪失，最終全身麻痺死亡。
本病的潛伏期長短不一，一般為15天，長者可達數月或上年以上，潛期的長短和感染的毒力、部位有關。
犬細小病毒病：
犬細小病毒病又稱犬傳染性胃腸炎，是由犬細小病毒感染引起的急性傳染病。以出血性腸炎和非化膿性心肌炎為主要特徵，侵害各種年齡的犬，以幼犬發病率高。有時感染率可高達100%，致死率為60%左右。如能及時治療，治癒率可達90%。
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