北京中醫藥大學開設的專業有中醫學專業、製藥工程專業、鍼灸推拿學專業、康復治療學專業、公共事業管理專業、工商管理專業、護理學專業等。
| 學院 | 專業及專業方向 | 學制 |
|---|---|---|
| 北京中醫藥大學基礎醫學院 | 中醫學（岐黃國醫班） | 九年 |
| 中醫學（卓越中醫班） | 五年+三年 | |
| 中醫學（卓越中醫京華班） | 五年+三年 | |
| 中醫學（卓越中西醫班） | 五年+三年 | |
| 中醫學（卓越中醫兒科班） | 五年+三年 | |
| 中醫學 | 五年 | |
| 中醫學（實驗班） | 五年 | |
| 北京中醫藥大學中藥學院 | 中藥學（中藥方向） | 四年 |
| 中藥學（中藥學與中藥分析方向） | 四年 | |
| 中藥學（中藥資源與開發方向） | 四年 | |
| 中藥學（臨床中藥方向） | 四年 | |
| 製藥工程（中藥製藥方向） | 四年 | |
| 製藥工程（生物製藥方向） | 四年 | |
| 藥學 | 四年 | |
| 北京中醫藥大學鍼灸推拿學院 | 鍼灸推拿學 | 五年 |
| 鍼灸推拿學（針刀方向） | 五年 | |
| 鍼灸推拿學（康復方向） | 五年 | |
| 中醫學（卓越針推） | 八年 | |
| 中醫學（卓越針推對外） | 八年 | |
| 康復治療學 | 四年 | |
| 北京中醫藥大學管理學院 | 公共事業管理 | 五年 |
| 工商管理 | 四年 | |
| 藥事管理 | 四年 | |
| 資訊管理與資訊系統 | 四年 | |
| 北京中醫藥大學護理學院 | 護理學 | 四年 |
| 北京中醫藥大學人文學院 | 法學（醫藥衛生） | 四年 |
| 英語（醫學、中醫藥國際傳播） | 四年 |
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