2020年南京醫科大學臨床醫學（5+3一體化）、臨床醫學（兒科醫學）（5+3一體化）、臨床醫學、醫學影像學、兒科學、口腔醫學（5+3一體化）專業的學費為7480元/年。
| 專業名稱 | 學制 | 學費 |
| 臨床醫學（5+3一體化） | 5 | 7480 |
| 臨床醫學（兒科醫學）（5+3一體化） | 5 | 7480 |
| 口腔醫學（5+3一體化） | 5 | 7480 |
| 臨床醫學 | 5 | 7480 |
| 醫學影像學 | 5 | 7480 |
| 兒科學 | 5 | 7480 |
| 精神醫學 | 5 | 6800 |
| 眼視光醫學 | 5 | 7480 |
| 放射醫學 | 5 | 6800 |
| 口腔醫學 | 5 | 7480 |
| 預防醫學 | 5 | 6800 |
| 基礎醫學 | 5 | 6800 |
| 法醫學 | 5 | 6800 |
| 臨床藥學 | 5 | 6800 |
| 醫學影像技術 | 4 | 6800 |
| 醫學檢驗技術 | 4 | 6800 |
| 康復治療學 | 4 | 6800 |
| 眼視光學 | 4 | 6800 |
| 生物資訊學 | 4 | 5500 |
| 智慧醫學工程 | 4 | 6800 |
| 生物醫學工程 | 4 | 5800 |
| 衛生檢驗與檢疫 | 4 | 6800 |
| 應用統計學（生物統計學） | 4 | 5500 |
| 藥學 | 4 | 6800 |
| 護理學 | 4 | 6800 |
| 公共管理類 | 4 | 5200 |
| 英語 | 4 | 5200 |
學費資料來源：南京醫科大學2020年外省分省分專業招生計劃（）
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