中科曙光的子公司主要有:中科曙光國際資訊產業有限公司、中科曙光國家先進計算產業創新中心有限公司、海光資訊科技有限公司、曙光資訊產業(北京)有限公司、曙光雲端計算集團有限公司、曙光資訊產業(江蘇)有限公司、中科可控資訊產業有限公司、中科曙光資訊產業成都有限公司、中科三清科技有限公司、中科睿光軟體技術有限公司等。