一、行政級別不同
1、自治區:是中國行政區劃之一,行政區劃級別與省、直轄市、特別行政區相同,是中華人民共和國省級行政區;
2、自治州:是中國行政區劃之一,行政區劃級別與地級市、地區、盟相同,屬地級行政區,由省、自治區管轄;
3、自治縣:是中國行政區劃之一,行政區劃級別與市轄區、縣級市、縣、旗、自治旗、林區、特區相同,屬縣級行政區,通常由地級市、地區、自治州、直轄市管轄,也有少部分自治縣由省直接管轄。
二、數量不同
我國現有內蒙古自治區、廣西壯族自治區、西藏自治區、寧夏回族自治區、新疆維吾爾自治區五個自治區;
自治州下轄縣、自治縣和縣級市,中國共計30個自治州;
中國共計117個自治縣。
三、立法審批機關不同
自治區的自治條例和單行條例,報全國人民代表大會常務委員會批准後生效;
自治州、自治縣的自治條例和單行條例,報省、自治區、直轄市的人民代表大會常務委員會批准後生效。
《中華人民共和國立法法》第七十五條規定,民族自治地方的人民代表大會有權依照當地民族的政治、經濟和文化的特點,制定自治條例和單行條例。