天然形成的紫水晶因其自然界的影響,有時會在不同的珠子上甚至是同一顆珠子上出現顏色不均勻的現象,若是人工合成的紫水晶,其顏色非常的均勻,而且非常的完美,當然,在自然界中也有顏色非常均勻的極品的紫水晶。
天然形成的紫水晶往往會展現出色帶,而若是人工合成的紫水晶則不會有色帶出現。仔細的觀察一條天然的紫水晶手鍊晶體通透、裂縫很少,但是仍可以看到明顯的色帶。合成的紫水晶便沒有這種特點,而且合成的紫水晶顏色非常的單一,不靈活。
天然紫水晶放在手心會給人一種冰涼的感覺,若是佩戴在身上,天然紫水晶的溫度會隨著體溫而慢慢升高,最終能夠保持和人體一樣的溫度。但是合成的紫水晶便不同了,合成的紫水晶放在手心,雖然剛開始的時候會有種冰涼之感,但是佩戴在身上一段時間後會感覺比體溫還高,所以這種鑑別是最簡單的方法,尤其是玻璃做成的紫水晶最容易鑑別。
紫水晶和其他水晶一樣,晶體內部常常會含有裂縫、花絮或者其他礦物質的包裹體,但是合成的紫水晶晶體內部會出現很多氣泡,一般合成紫水晶的材料為玻璃,所以如果不清楚氣泡的形狀,可以看下玻璃杯,就會發現玻璃杯中常常會有氣泡。