巨齒鯊已經滅絕了,和所有鯊魚一樣,巨齒鯊的牙齒終身更換、脫落。但人們所收集到的巨齒鯊牙齒均形成於260萬年前,由此可以推測巨齒鯊滅絕於260萬年前。
巨齒鯊會絕種理由有兩個,一是氣候變化,另外一個是生態系統的改變。氣候寒冷化導致冷凍的冰川凍結,改變了海流圖。於是海洋變得寒冷,使習慣了溫暖海洋的巨齒鯊的棲息分佈區域大幅的減少。可是另一方面,氣候的變動對巨齒鯊的獵物的影響更大。巨齒鯊的獵物不是絕種了,就是進化了。而且巨齒鯊的捕食物件中,也有一部分是成為了以捕食巨齒鯊為生的動物。當一群的虎鯨出沒時,便可以攻擊和成功捕食一頭年輕的巨齒鯊。總而言之,巨齒鯊的統治時代已經終結,巨齒鯊自己也成為了歷史。