組成不同。農村信用社主要是有社員入股組成;而農商銀行是由轄內農民、農村工商戶、企業法人和其他經濟組織共同入股組成的股份制的地方性金融機構。
農村信用社是合作制金融機構,其性質是股份合作制;而農商銀行是股份制地方金融機構。
農村信用社實行的是民主化管理,就是在省聯社的統一指導下,由社員自主管理、自負盈虧;而農商銀行是由銀行的大股東管理,採用的是現代企業管理制度,銀行最大的權力機構就是股東大會。