1、南京大學，南京大學其學脈可追溯自公元258年的南京太學，近代校史肇始於1902年建立的三江師範學堂。教育部直屬的全國重點大學，中央直管高校，位列“雙一流”A類、“211工程”、“985工程”重點建設高校。
2、東南大學，國教育部直屬的全國重點大學，是國家首批世界一流大學建設高校（A類）、“985工程”和“211工程”重點建設高校。起源於南京大學的工學院。
3、蘇州大學，是教育部與江蘇省人民政府共建的國家“世界一流學科建設高校”，國家“211工程”、“2011計劃”首批入選高校。
4、河海大學，教育部直屬，教育部、水利部、國家海洋局與江蘇省人民政府共建的全國重點大學1952年南京大學水利系、交通大學水利系、同濟大學土木系水利組、浙江大學土木系水利組以及華東水利專科學校合併成立“華東水利學院”。1960年被中共中央認定為全國重點大學。1985年恢復傳統校名“河海大學”。
5、中國藥科大學，教育部直屬的多科性重點大學，是國家“世界一流學科建設高校”、國家“211工程”建設高校。前身為始建於1936年的國立藥學專科學校（四年制），是我國曆史上第一所由國家創辦的藥學高等學府。
6、中國礦業大學(徐州)，教育部直屬全國重點大學，教育部與江蘇省人民政府、應急管理部共建高校。
7、南京師範大學，教育部與江蘇省人民政府共建，是國家“世界一流學科建設高校”，國家“211工程”首批重點建設高校。1952年全國高校院系調整，以南京大學、金陵大學等有關院系為基礎，在原金陵女子大學校址組建南京師範學院。1984年更名為南京師範大學。
8、南京理工大學，學校由創建於1953年的中國人民解放軍軍事工程學院（簡稱“哈軍工”）分建而成，經歷了炮兵工程學院、華東工程學院、華東工學院等發展階段，1993年更名為南京理工大學。
9、南京航空航天大學，前身是1952年10月建立的南京航空工業專科學校，是中華人民共和國創辦的第一批航空高等院校之一。工業和資訊化部直屬的綜合性全國重點大學，是國家“世界一流學科建設高校”，國家“211工程”重點建設高校。
10、江南大學，1952年由原南京大學、復旦大學、武漢大學、浙江大學、私立江南大學的有關係科組建南京工學院（現東南大學）食品工業系；1958年該系整建制東遷無錫，建立無錫輕工業學院。教育部直屬高校，國家“世界一流學科建設高校”，國家“211工程”重點建設高校。
11、南京農業大學，1952年全國高校院系調整時，南京大學農學院和金陵大學農學院，以及浙江大學農學院部分系科，合併成立南京農學院。是教育部直屬的全國重點大學；位列世界一流學科建設高校、211工程大學。
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