在大珠山主峰大砦頂北側的一道山澗裡有一座古寺,因以兩塊赫然而立的巨石為門,所以名為石門寺。石門寺,始建於金大定五年(1166年)。當年寺廟有大雄寶殿、天王殿、鐘樓、鼓樓、東西兩廡等建築。
石門右側的巨石下有一清泉,水碧如玉,名玉泉,因此,人們又稱石門寺為玉泉寺。
20世紀40年代中期,石門寺毀於戰事。
1995年膠南市人民政府投資重修石門寺大雄寶殿和墓塔林。