學校創建於1896年,原名南洋公學,1911年更名為南洋大學堂,1929年更名為國立交通大學,1949年更名為交通大學;1957年經歷西遷與分設,分為交通大學上海部分和西安部分。1959年,交通大學上海部分啟用“上海交通大學”校名;1999年,原上海農學院併入;2005年,與原上海第二醫科大學合併。